{"id":1010,"date":"2021-07-01T12:27:46","date_gmt":"2021-07-01T11:27:46","guid":{"rendered":"https:\/\/inmunoensayos.blogs.upv.es\/?p=1010"},"modified":"2021-07-23T08:59:29","modified_gmt":"2021-07-23T07:59:29","slug":"las-nuevas-variantes-del-sars-cov-2-que-nadie-busca-y-que-estan-haciendo-al-virus-mas-resistente-a-la-respuesta-inmunitaria","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/inmunoensayos.blogs.upv.es\/?p=1010","title":{"rendered":"Las nuevas variantes del SARS-CoV-2 que nadie busca y que est\u00e1n haciendo al virus m\u00e1s resistente a la respuesta inmunitaria"},"content":{"rendered":"\n

Introducci\u00f3n<\/strong><\/p>\n\n\n\n

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Desde la aparici\u00f3n del SARS-CoV-2 y su r\u00e1pida propagaci\u00f3n por todo el mundo, han surgido nuevas variantes con inter\u00e9s m\u00e9dico, inmunol\u00f3gico y epidemiol\u00f3gico pues estas podr\u00edan ser m\u00e1s patog\u00e9nicas, evadir con m\u00e1s \u00e9xito la respuesta inmunitaria o hacer que las vacunas fueran menos efectivas. Habida cuenta que la prote\u00edna Spike (S) del coronavirus es crucial para la infecci\u00f3n efectiva de una c\u00e9lula y, por consiguiente, la que media muchos de estos efectos negativos en la salud, todos los esfuerzos tanto en la profilaxis (vacuna) como en el diagn\u00f3stico y b\u00fasqueda de nuevas variantes preocupantes se centran en S. De hecho, estas nuevas variantes las empezamos a detectar pues algunas de las PCR fallaban en dar positivos en algunos de los fragmentos del gen S que se buscaban y porque las t\u00e9cnicas de secuenciaci\u00f3n masiva est\u00e1n al alcance de muchos laboratorios de diagn\u00f3stico e investigaci\u00f3n.<\/p>\n\n\n\n

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Huang Y, Acta Pharmacol Sin 2020<\/figcaption><\/figure>\n\n\n\n

Pero hemos de tener presente, que el genoma del virus tiene 30.000 nucle\u00f3tidos que codifican para 10.000 amino\u00e1cidos y que todos estos pueden mutar, no solamente los 1.273 amino\u00e1cidos de la prote\u00edna S. Adem\u00e1s de las 4 prote\u00ednas estructurales, S, E (Envelope), N (Nucleocapside) y M (Membrane), el virus pose otras 16 prote\u00ednas no estructurales y 9 prote\u00ednas accesorias. Una vez dentro de la c\u00e9lulas, estas otras prote\u00ednas virales empiezan a jugar su papel vital para evitar la defensa intr\u00ednseca antiviral y que no se desencadene la respuesta inmune innata o para obligar a la maquinaria biosint\u00e9tica celular a enfocarse en la multiplicaci\u00f3n y ensamblaje del virus. Y como hemos dicho esas prote\u00ednas tambi\u00e9n pueden mutar para ganar funci\u00f3n y proporcionarle ventajas al virus, ya no solo en penetrar, sino en ser m\u00e1s infectivo.\u00a0<\/p>\n\n\n\n

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Entre todo este conjunto de nuevas variantes posibles en este inmunoensayo nos vamos a centrar en las que juegan un papel en la batalla evolutiva para poder generar las variantes que escapen de los mecanismos dispuestos por la inmunidad innata. En particular podremos el foco a las mutaciones que intentan bloquear los sensores intracelulares que advierten a la c\u00e9lula que un virus ha logrado penetrar al citoplasma, los sensores que perciben \u00e1cidos nucleicos virales (RNA o DNA) intracelularmente. Este rol lo realizan muy r\u00e1pidamente, en cuesti\u00f3n de minutos, provocando la producci\u00f3n y liberaci\u00f3n de interferones de tipo I que de forma autocrina y paracrina alertan a todo el microambiente de la presencia de virus en ese tejido. Esta alerta hace que la c\u00e9lula entre en estado de actividad intr\u00ednseca antiviral y sintetice nuevas medidas para intentar degradar la informaci\u00f3n gen\u00e9tica de virus y que esta se exprese o se puedan construir nuevos viriones. Pero el virus a lo largo de su evoluci\u00f3n ha conseguido incluir en su genoma la codificaci\u00f3n para prote\u00ednas que van a contrarrestar muy efectivamente esa defensa intr\u00ednseca antiviral. Todos los virus que parasitan a humanos tienen que intentar bloquear con contramedidas de m\u00e1s o menos intensidad esta respuesta antiviral. Y todos los humanos hemos de tener suficientes medidas antivirales para al final salir ganando la batalla. Es un fino equilibrio entre anfitri\u00f3n y hu\u00e9sped tras muchos a\u00f1os de evoluci\u00f3n.<\/p>\n\n\n\n

Las caracter\u00edsticas cl\u00ednica de la covid-19 y la respuesta inmune al SARS-CoV-2 son bastante diferentes del resto de virus respiratorios. Ello podr\u00eda justificar que ~20% de los infectados tengan distr\u00e9s respiratorio agudo. Una de estas es la habilidad del virus para bloquear la respuesta inmunitaria innata, que ser\u00eda la primera linea de defensa para eliminar eficientemente la carga viral del infectado. Aunque se ha descrito una h\u00edper-producci\u00f3n de citocinas de tipo pro-inflamatorio, el nivel de interferones de tipo I y III (IFN-\u03b2 and IFN-\u0263), en plasma es m\u00e1s bajo de lo normal. Esta defensa basada en interferones es b\u00e1sica y de hecho los estudios gen\u00e9ticos a la b\u00fasqueda de susceptibilidades en la poblaci\u00f3n a padecer la enfermedad m\u00e1s severa ha revelado que defectos en estos se asocian a una mayor morbimortalidad.<\/p>\n\n\n\n

La participaci\u00f3n de la mitocondria en la defensa intr\u00ednseca antiviral<\/strong><\/p>\n\n\n\n

Tras la entrada en la c\u00e9lula al interaccionar la prote\u00edna S con el ectoenzima convertidor de angiotensina (ACE2) gracias al primado por la prote\u00edna de la c\u00e9lula anfitriona con actividad furina TMPRSS2, empieza r\u00e1pidamente la detecci\u00f3n del ssRNA(+) del coronavirus. Para ello la c\u00e9lula dispone de los receptores citos\u00f3licos RIG-I-like receptors (RLRs) RIG-I y MDA5 y los Toll-like receptors de las membranas endosomales (TLR3, TLR7, y TLR8) que perciben adem\u00e1s los intermediarios de replicaci\u00f3n en forma de dsRNA virales. La interacci\u00f3n de estos receptores de patrones moleculares virales gracias a los intermediarios de transducci\u00f3n MAVS, MyD88, y TRIF inicia dos cascadas de se\u00f1alizaci\u00f3n independientes que llevan al aparici\u00f3n de dos factores de transcripci\u00f3n. Para ello es necesario que se activen varias kinasas de I\u03baB (IKKs), llamadas kinasa 1 de uni\u00f3n a TANK (TBK1)\/inhibidor de la kinasa \u03baB \u00e9psilon (IKK\u03b5) e IKK\u03b1\/\u03b2\/\u0263 (IKK\u0263 se conoce tambi\u00e9n como NEMO). Por un lado IKK\u03b1\/\u03b2\/\u0263 fosforilan al inhibidor de NF-\u03baB (I\u03baB), liber\u00e1ndose entonces de NF-\u03baB y activando la expresi\u00f3n de citocinas pro-inflamatorias. Por otro lado, TBK1 fosforila a IRF3 convirti\u00e9ndolo entonces en el factor de transcripci\u00f3n que se transloca al n\u00facleo e inicia la expresi\u00f3n de genes asociados al los interferones de tipos I y III.\u00a0<\/p>\n\n\n\n

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Wu J, Cell Reports 2021<\/figcaption><\/figure>\n\n\n\n

En paralelo, TLR3 es activado por dsRNA que induce la se\u00f1alizaci\u00f3n de IRF3 y NF-\u03baB a trav\u00e9s de cascadas de se\u00f1alizaci\u00f3n de interfer\u00f3n\u2010\u03b2 (TRIF)\u2010TBK1\/IKK\u03b5 que contiene el dominio TIR y que induce el adaptador, lo que da como resultado la producci\u00f3n de IFN de tipo I y III y otras citocinas pro-inflamatorias. A\u00fan no se ha dilucidado la implicaci\u00f3n de la v\u00eda de detecci\u00f3n del ADN citos\u00f3lico del estimulador cGAS de la se\u00f1alizaci\u00f3n de genes de IFN (STING) en el reconocimiento de coronavirus. STING es activado por el segundo mensajero 2\u02b9\u22123\u02b9cGAMP producido por cGAS al ser activado por ADN. Posteriormente, STING recluta TBK1 y con ello sigue toda la v\u00eda que hemos visto anteriormente,<\/p>\n\n\n\n

Luego, las v\u00edas de se\u00f1alizaci\u00f3n RIG-I\/MDA-5-MAVS, TLR3-TRIF y cGAS-STING convergen en TBK1\/IKK\u03b5, que cataliza la fosforilaci\u00f3n de IRF3 y la posterior transcripci\u00f3n de los IFN de tipo I y III. Los IFN secretados de tipo I y III se unen a sus receptores y luego activan los transductores de se\u00f1al kinasa de Janus (JK) y los activadores de la se\u00f1alizaci\u00f3n de transcripci\u00f3n (STAT) para impulsar la expresi\u00f3n de genes estimulados por IFN (ISG), que pueden iniciar estados antivirales al suprimir la replicaci\u00f3n y propagaci\u00f3n viral, activar las c\u00e9lulas inmunitarias y provocar la muerte de las c\u00e9lulas infectadas.<\/p>\n\n\n\n

TOM70 y el transporte de prote\u00ednas a la mitocondria<\/strong><\/p>\n\n\n\n

La c\u00e9lula eucariota emergi\u00f3 despu\u00e9s de una integraci\u00f3n entre una arquea y su simbionte bacteriano. La c\u00e9lula hu\u00e9sped y el simbionte, que se convirti\u00f3 en mitocondria, han co-evolucionado durante tanto tiempo que son completamente dependientes el uno del otro. Por un lado, las c\u00e9lulas modernas dependen de las mitocondrias para la producci\u00f3n eficiente de ATP y cofactores vitales, como los grupos de hierro-azufre y el hemo. Por otro lado, las mitocondrias han renunciado a su autonom\u00eda para la producci\u00f3n de l\u00edpidos y prote\u00ednas y ello recae en sus c\u00e9lulas hospedadoras. Ello crea una interdependencia constante entre las mitocondrias, el citosol y todos los dem\u00e1s org\u00e1nulos a trav\u00e9s del flujo de metabolitos, la participaci\u00f3n en v\u00edas de se\u00f1alizaci\u00f3n comunes y el transporte de prote\u00ednas reci\u00e9n sintetizadas destinadas a las mitocondrias, en forma de prote\u00ednas precursoras. En el desarrollo de la relaci\u00f3n endosimbi\u00f3tica, la bacteria retuvo su cromosoma en forma de anillo pero perdi\u00f3 la mayor\u00eda de sus genes. En todos los eucariotas, aproximadamente el 99% de las prote\u00ednas mitocondriales est\u00e1n codificadas por el ADN nuclear y sintetizadas por los ribosomas citos\u00f3licos. El proteoma mitocondrial humano comprende aproximadamente 1500 prote\u00ednas diferentes.\u00a0<\/p>\n\n\n\n

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Bykov YS, Trends Biochem Sci 2020<\/figcaption><\/figure>\n\n\n\n

Importar esas prote\u00ednas en varias ubicaciones mitocondriales es una de las tareas m\u00e1s desafiantes de la biolog\u00eda celular. El primer paso de la focalizaci\u00f3n implica el reconocimiento y movimiento direccional de la prote\u00edna (o su ARNm codificante) desde el citosol a la superficie del org\u00e1nulo correcto. A continuaci\u00f3n, la prote\u00edna se puede entregar a la maquinaria responsable de su integraci\u00f3n en las membranas o su paso a los compartimentos acuosos del org\u00e1nulo mediante translocaci\u00f3n a trav\u00e9s de canales o poros de prote\u00ednas. Todo el proceso de focalizaci\u00f3n y traslado a las mitocondrias constituye la importaci\u00f3n de prote\u00ednas mitocondriales. Las prote\u00ednas que deben importarse a diferentes compartimentos contienen se\u00f1ales de orientaci\u00f3n espec\u00edficas que son reconocidas tanto por las maquinarias de orientaci\u00f3n como por las de translocaci\u00f3n.<\/p>\n\n\n\n

La translocaci\u00f3n de prote\u00ednas a las mitocondrias est\u00e1 bien estudiada y est\u00e1 claro que existen muchas v\u00edas diferentes para ayudar a la correcta translocaci\u00f3n e integraci\u00f3n de prote\u00ednas a sus subcompartimentos mitocondriales. Todos ellos comienzan en la translocasa del complejo de la membrana externa (TOM). El complejo TOM consta de la prote\u00edna de barril \u03b2 Tom40 que forma un poro de translocaci\u00f3n, las prote\u00ednas receptoras Tom20 y Tom70 que reconocen se\u00f1ales de direccionamiento en los prote\u00ednas precursoras, Tom22 que puede reconocer estos precursores y tambi\u00e9n desempe\u00f1a un papel estructural, y las peque\u00f1as subunidades Tom5, 6, y 7 que median el complejo ensamblaje.<\/p>\n\n\n\n

Casi todos los complejos de importaci\u00f3n de prote\u00ednas a los org\u00e1nulos membranosos contienen una repetici\u00f3n tetratricopept\u00eddica (TPR) para mejorar la eficacia de la translocaci\u00f3n de prote\u00ednas. Por tanto, vale la pena para echar un vistazo m\u00e1s de cerca a las funciones y caracter\u00edsticas estructurales de los dominios TPR que se encuentran en Tom70 y sus an\u00e1logos funcionales en otras membranas. Un dominio TPR consta de hasta 20 repeticiones tetratricopept\u00eddicas, cada una de las cuales comprende 34 amino\u00e1cidos que adoptan un motivo h\u00e9lice-giro-h\u00e9lice y u \u00e1ngulo de empaquetadura de aproximadamente 24\u00ba. Por lo tanto, los motivos TPR apilados inducen una superh\u00e9lice que forma un canal o poro y que tambi\u00e9n es la estructura predominante de Tom70.<\/p>\n\n\n\n

Adem\u00e1s de esa funci\u00f3n en la importaci\u00f3n de prote\u00ednas, TOM70 es un elemento cr\u00edtico en una cascada de se\u00f1ales que conduce a una respuesta inmune innata espec\u00edficamente al ARN viral. De hecho cuando RIG-I sufre un cambio conformacional al reconocer el ARN viral y se asocia con MAVS, esto provoca que MAVS se asocie con TOM70. En realidad es esta participaci\u00f3n de TOM70 lo que inicia el reclutamiento de Hsp90, TBK1 e IRF3. Si vamos a la estructura \u00edntima del proceso, dentro de este complejo, el motivo EEVD C-terminal de Hsp90 se une al dominio de tipo abrazadera TPR N-terminal de TOM70. Posteriormente, el IRF3 es fosforilado por TBK1, lo que conduce a su disociaci\u00f3n del complejo y as\u00ed IRF3 fosforilado se transloca al n\u00facleo y promueve la transcripci\u00f3n de genes. Adem\u00e1s, la uni\u00f3n de MAVS a TOM70 tambi\u00e9n puede desencadenar la se\u00f1alizaci\u00f3n de NF-\u03baB y la apoptosis dependiente de Bax.<\/p>\n\n\n\n

\"\"<\/figure>\n\n\n\n

\u00bfCu\u00e1les son las estrategias que hacen que el RNA del SARS-CoV-2 perdure en la c\u00e9lula y no inicie la respuesta innata?<\/strong><\/p>\n\n\n\n

En primer lugar la prote\u00edna no estructural nsp16 metila la cabeza 5\u2019 del RNA viral haci\u00e9ndole que se asemeje al RNA humano y as\u00ed facilit\u00e1ndole el escape del sensor MDA5. La nsp3 produce una proteasa como la papa\u00edna (PLpro) que junto con las ORF3b y ORF6 interfieren con la fosforilaci\u00f3n y por consiguiente translocaci\u00f3n nuclear de IRF3. Adem\u00e1s ORF6 limita el efecto de la respuesta a interferones bloqueando en transporte nuclear del la STAT1 e impidiendo la expresi\u00f3n de ISG. Por otro lado, el dominio de proteasa similar a la papa\u00edna de los virus SARS puede actuar como antagonista de los IFN dirigi\u00e9ndose a STING, lo que sugiere que la v\u00eda cGAS-STING deber\u00eda desempe\u00f1ar un papel vital en la defensa contra ciertos coronavirus.<\/p>\n\n\n\n

Una de las mutaciones que se han descrito ya en la variante alpha (la brit\u00e1nica, B.1.1.7) afecta a una prote\u00edna accesoria, en concreto ORF9b. Curiosamente estas mutaciones no se traducen en cambios estructurales o de funci\u00f3n de la prote\u00edna sino lo que consiguen es que la prote\u00edna se exprese hasta 18 veces m\u00e1s en la c\u00e9lula. La prote\u00edna accesoria ORF9b se acumula r\u00e1pidamente tras la infecci\u00f3n y tambi\u00e9n bloquea la producci\u00f3n de IFN-\u03b2 al interferir con la actividad de las prote\u00edna mitocondrial MAVS, que es un adaptador esencial para el reconocimiento por RIG-I\/MDA5 y su se\u00f1alizaci\u00f3n antiviral. Adem\u00e1s, ORF9 conduce a la degradaci\u00f3n de MAVS impidiendo la se\u00f1alizaci\u00f3n inducida por TBK1-IRF3 y espec\u00edficamente sobre NEMO para evitar la activaci\u00f3n de NF-\u03baB. La secuencia de actuaci\u00f3n podr\u00eda ser la siguiente: ORF9b se expresa ect\u00f3picamente en la mitocondria donde interact\u00faa con TOM70 y MAVS provocando cambios mORFol\u00f3gicos y funcionales en estas y la translocaci\u00f3n de prote\u00ednas en las membranas de la mitocondria y de estas al citosol. Al prote\u00edna TRAF a\u00f1adir\u00eda colas de ubiquitina a NEMO lo que facilitar\u00eda la interacci\u00f3n entre NEMO y MAVS y el inicio de la se\u00f1alizaci\u00f3n. En ese mismo momento es cuando ORF9b ya podr\u00eda actuar sobre NEMO inhibi\u00e9ndolo. A diferencia de los otros tres mecanismos, ORF9b no se comparte con otros coronavirus (excepto por SARS-CoV-1, con quien comparte un 74% de homolog\u00eda) por lo que es un rasgo singular de SARS-CoV-2 y \u00fanico en su manera de evitar la repuesta inmunitaria antiviral. Por tanto, la sobreexpresi\u00f3n de SARS\u2010CoV\u20102 ORF9b inhibe la producci\u00f3n de IFN de tipo I y III inducida tras la activaci\u00f3n de RIG-I\/MDA5\u2013MAVS, TLR3\u2013TRIF y cGAS\u2013STING.<\/p>\n\n\n\n

Gen\u00e9tica, estructura, funci\u00f3n y evoluci\u00f3n de la prote\u00edna accesoria ORF9b<\/strong><\/p>\n\n\n\n

La estructura del genoma del SARS-CoV-2 indica que hay 14 ORF (open reading frame, cualquier parte del genoma que puede ser traducido en una prote\u00edna al tener codones de inicio y de stop). Algunas de estas ORFs se solapan en el genoma del virus optimizando as\u00ed es reducido material gen\u00e9tico y consiguiendo que se codifiquen para m\u00e1s prote\u00ednas de las que dar\u00eda su limitado n\u00famero de pares de bases. Las ORF1a y ORF1b son las m\u00e1s largas y se traducen en dos poliprote\u00ednas PP1A y PP1AB que contienen las proteasas PLpro y 3CLpro que convierten esas dos poliprote\u00ednas en 16 prote\u00ednas no estructurales que entre otras funciones tienen actividad replicasa y transcriptasa y son esenciales para la replicaci\u00f3n y maduraci\u00f3n viral. Las otras ORFs 2, 4, 5, y 9a codifican para las 4 prote\u00ednas estructurales principales de los coronavirus, a saber, Spike (S), Envelope (E), Membrane (M) y Nucleocapsid (N), respectivamente. Y ahora vienen las diferencias fundamentales entre los distintos coronavirus, pues las otras ORFs codifican para prote\u00ednas accesorias sin papel en la replicaci\u00f3n viral como son ORF3a, ORF3b, ORF6, ORF7a, ORF7b, ORF8a y ORF8b y por consiguiente est\u00e1n presentes o no en diversos coronavirus. Por ejemplo la ORF3b no se expresa en el SARS-CoV-2 y la ORF9b no estaba presente en la cepa original surgida en Wuhan, sino que aparece por primera vez en la variante D614G, que se hizo dominante en el mundo en la primavera del a\u00f1o 2020. <\/p>\n\n\n\n

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Yurkovetsky L, Cell 2020<\/figcaption><\/figure>\n\n\n\n

Para ser m\u00e1s precisos la ORF9b se sit\u00faa dentro de la ORF9a y que codifica para la prote\u00edna estructural N (por eso se clasifica a la ORF9b como una ORF alternativa). Esta nueva prote\u00edna ORF9b se expresa ampliamente en las c\u00e9lulas infectadas, tiene 98 amino\u00e1cidos y la cristalograf\u00eda muestra que el homod\u00edmero presenta unas caracter\u00edsticas estructurales con nuevos dominios de plegamientos de tipo beta con una superficie anfip\u00e1tica y un n\u00facleo hidrof\u00f3bico que interacciona muy bien con l\u00edpidos. Habida cuenta que ORF9b act\u00faa sobre el signalosoma mitocondrial MAVS\/TRAF3\/TRAF6 el an\u00e1lisis comparativo de interacciones virus-prote\u00ednas del anfitri\u00f3n mostr\u00f3 que la diana de interacci\u00f3n de ORF9b es la prote\u00edna de la membrana externa mitocondrial TOM70. <\/p>\n\n\n\n

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Gao X, Nature Communications 2021<\/figcaption><\/figure>\n\n\n\n

Como ya hemos dicho, esta prote\u00edna TOM70 forma parte de un complejo transmembranario TOM con actividad translocasa y por consiguiente implicado en la tranlocaci\u00f3n de prote\u00ednas desde el ret\u00edculo endoplasm\u00e1tico rugoso al interior mitocondrial y adem\u00e1s TOM70 juega un papel muy importante en la activaci\u00f3n de la respuesta antiviral pues es un adaptador esencial para la se\u00f1alizaci\u00f3n del MAVS a TBK1\/IRF3. Estructuralmente TOM70 consta de n repeticiones de dominios de tipo TPRs (tetratricopeptide repeats). El TPR de la regi\u00f3n N-terminal de TOM70 se une a la C-terminal de Hsp90, resultando en el reclutamiento y formaci\u00f3n del complejo Hsp90\/TBK1\/IRF3 en la mitocondria. As\u00ed, IRF3 es fosforilado y translocado al n\u00facleo para actuar como factor de transcripci\u00f3n. A nivel de microscop\u00eda crio-electr\u00f3nica de ~3.1 \u00c5 de resoluci\u00f3n se ha demostrado que ORF9b ocupa un dominio hidrof\u00f3bico en la regi\u00f3n TPR C-terminal, que es la zona por donde TOM70 se une a las prote\u00ednas para importarlas. Adem\u00e1s, la cristalograf\u00eda del homod\u00edmero de ORF9b indica que una porci\u00f3n central de ORF9b ocupa el bolsillo profundo en el dominio C-terminal de TOM70 (CTD) y adopta una conformaci\u00f3n helicoidal sorprendentemente diferente de la estructura rica en hojas \u03b2 del homod\u00edmero ORF9b. Las interacciones entre ORF9b y TOM70 CTD son principalmente hidr\u00f3fobas y distintas de la interacci\u00f3n electrost\u00e1tica entre el motivo EEVD de la prote\u00edna de choque t\u00e9rmico 90 (Hsp90) y el dominio N-terminal de TOM70 (NTD). Luego ya tenemos evidencia experimental que respalda que la prote\u00edna ORF9b del SARS-CoV-2 inhibe alost\u00e9ricamente la uni\u00f3n entre TOM70 y Hsp90, lo que en consecuencia puede socavar el reclutamiento de Hsp90 a TBK1\/IRF3 y, por lo tanto, en \u00faltima instancia, debilita la cascada de se\u00f1alizaci\u00f3n para expresi\u00f3n de interferones de tipo 1.<\/p>\n\n\n\n

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bioRxiv\u00a02021.06.06.446826;\u00a0doi:\u00a0https:\/\/doi.org\/10.1101\/2021.06.06.446826<\/figcaption><\/figure>\n\n\n\n

Repercusiones de las nuevas variantes<\/strong><\/p>\n\n\n\n

La infecci\u00f3n por la variante alpha se ha asociado con mayores tasas de contagio y mayor gravedad cl\u00ednica. La variante alpha se define por una constelaci\u00f3n de 23 mutaciones: 17 que alteran la secuencia de prote\u00ednas (14 no mutaciones sin\u00f3nimas y 3 deleciones) y 6 mutaciones sin\u00f3nimas. Los cambios se concentran en Spike, que facilita la entrada viral a trav\u00e9s de la interacci\u00f3n con el ser receptor ACE humano. Esto ha llevado al campo a enfocarse en comprender estas variantes, pero como hemos dicho la principio del ensayo, hay otras. De hecho las mutaciones que definen la variante de preocupaci\u00f3n (VOC) fuera de Spike sugieren que la adaptaci\u00f3n independiente de Spike al anfitri\u00f3n puede contribuir a la ventaja de transmisi\u00f3n de alpha. La mayor\u00eda de los cambios de codificaci\u00f3n de alpha se asignan a prote\u00ednas no estructurales nsp3, nsp6, la prote\u00edna accesoria ORF8 y N, habiendo demostrado todas su capacidad de modular la respuesta inmune innata.\u00a0<\/p>\n\n\n\n

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https:\/\/doi.org\/10.1101\/2021.03.02.433156<\/figcaption><\/figure>\n\n\n\n

En consonancia con la resistencia al IFN, frente a los aislados de la primera ola, la variante alpha es menos sensible al tratamiento previo con IFN-\u03b2 en un amplio rango de dosis, lo que sugiere que la infecci\u00f3n por alpha no solo induce menos IFN-\u03b2 sino que que tambi\u00e9n es menos sensible a sus efectos. La mutaci\u00f3n D614G se ha asociado con resistencia a una variedad de interferones de tipos I y III en varios linajes de SARS-CoV-2, y contribuye a mejorar la evasi\u00f3n de IFN de alpha. Ahora tenemos datos que revelan c\u00f3mo el linaje SARS-CoV-2 alpha se ha adaptado al hu\u00e9sped mejorando el antagonismo de la respuesta inmune innata. Sorprendentemente se ha caracterizado una nueva forma de adaptaci\u00f3n que viene m\u00e1s que de la mutaci\u00f3n estructural en aumentar espec\u00edficamente la s\u00edntesis de ARN subgen\u00f3mico y la expresi\u00f3n de antagonistas v\u00edricos innatos clave como ORF9b y ORF6 y N. Esta observaci\u00f3n notable y novedosa sugiere la evoluci\u00f3n de las secuencias de nucle\u00f3tidos de alpha que modulan la producci\u00f3n de sgRNA espec\u00edfica y la selecci\u00f3n para una mayor s\u00edntesis de sgRNA y expresi\u00f3n de prote\u00ednas, en lugar de la selecci\u00f3n de cambios en la codificaci\u00f3n de prote\u00ednas para alterar o mejorar la funci\u00f3n del antagonista viral.<\/p>\n\n\n\n

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https:\/\/doi.org\/10.1101\/2021.03.02.433156<\/figcaption><\/figure>\n\n\n\n

As\u00ed, los niveles de expresi\u00f3n de prote\u00ednas pueden tener un impacto significativo en la interacci\u00f3n virus-hu\u00e9sped e importantes implicaciones para el manejo de la pandemia en curso. Se espera que la expansi\u00f3n de los esfuerzos de secuenciaci\u00f3n en curso para monitorear los niveles de ARN subgen\u00f3mico sea fundamental en la identificaci\u00f3n de futuras variantes de inter\u00e9s del SARS-CoV-2. Estos hallazgos resaltan la importancia de estudiar los cambios fuera de Spike para comprender el fenotipo de la variante alpha, otras variantes actuales y variantes futuras, y enfatizar la importancia de la evasi\u00f3n inmune innata en el proceso continuo de adaptaci\u00f3n del SARS-CoV-2 a un nuevo anfitri\u00f3n. Podemos asumir que esta mejora es una consecuencia directa de una mutaci\u00f3n de triple nucle\u00f3tido en la nucleoc\u00e1pside (28280: GAT> CAT, D3L) que crea una secuencia de tipo reguladora de la transcripci\u00f3n complementaria a una regi\u00f3n 3 ‘del l\u00edder gen\u00f3mico. Estos hallazgos proporcionan una visi\u00f3n \u00fanica de la biolog\u00eda de la variante alpha y respaldan el seguimiento de los perfiles de sgRNA en los datos de secuencia para evaluar las posibles variantes emergentes de inter\u00e9s. <\/p>\n\n\n\n

Conclusi\u00f3n <\/strong><\/p>\n\n\n\n

SARS-CoV-2 usa diversas estrategias para neutralizar la respuesta innata antiviral y el inicio de la respuesta inmunitaria innata m\u00e1s all\u00e1 de modificar la prote\u00edna Spike. La prote\u00edna codificada por ORF9b antagoniza a la interacci\u00f3n del translocador mitocondrial TOM70 con otros partners como hsp90 lo que al final provoca que la participaci\u00f3n mitocondrial en la respuesta de interferones quede bloqueada. Hablamos de mutaciones que no llevan a cambios estructurales de ORF9b sino en regular al alza los niveles de expresi\u00f3n de la prote\u00edna. Por ello el an\u00e1lisis de expresi\u00f3n de sgRNA debe realizarse en todas las plataformas de vigilancia gen\u00f3mica compatibles para dar una lectura instant\u00e1nea de los perfiles de expresi\u00f3n alterados en las variantes emergentes de SARS-CoV-2. Esto utilizar\u00eda los datos existentes para complementar los m\u00e9todos epidemiol\u00f3gicos y filodin\u00e1micos, y proporcionar\u00eda una alerta temprana de las variantes que podr\u00edan ser motivo de preocupaci\u00f3n con respecto a una mayor transmisibilidad y \/ o gravedad de la enfermedad.<\/p>\n\n\n\n

Referencias<\/strong><\/p>\n\n\n\n